Secret of Mana est un action-RPG (jeu de rôle d'action). L'histoire suit un jeune héros qui, accompagné de ses alliés, se lance dans une quête pour restaurer la puissance de l'épée Mana afin de vaincre un empire maléfique cherchant à conquérir le monde. Le jeu propose un système de combat en temps réel où trois joueurs peuvent contrôler chacun un des trois personnages, tous ayant ses propres compétences et pouvoirs magiques.